Curso de postgrado: «Aproximaciones multiómicas para el estudio de interacciones Microorganismo-hospedador: Bases teóricas y prácticas». 1ra Edición.
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NUEVO!! ENCUESTA – Enlace
Curso teórico-práctico presencial dirigido a estudiantes de postgrado egresados de las carreras de Lic. En Biotecnología, Lic. en Bioquímica, Biología, Agronomía y afines. El curso es gratuito con cupo limitado. En el caso de que el número de inscriptos supere el cupo se evaluará la vinculación del tema y la nota de motivación del estudiante para participar en el curso. Duración: 45 hs, con evaluación final.
Del 24 al 29 de Octubre de 2016, en la Facultad de Ciencias Exactas – UNLP.
Objetivos del curso: i) introducir a los alumnos participantes las bases teóricas de un conjunto de herramientas ómicas modernas (genómicas y metagenómicas, transcriptómicas y metatranscriptómicas, proteómicas, metabolómicas y fenómicas) orientadas particularmente al estudio a nivel molecular de la biología de las interacciones entre microorganismos y sus organismos hospedadores, ii) proveer a los alumnos una guía práctica de los aspectos experimentales de la etapa analítica de cada técnica, así como también iii) promover en los alumnos el desarrollo de habilidades prácticas en el tratamiento y análisis bioinformático de los datos masivos obtenidos a partir de la aplicación de estas herramientas.
Organiza Red Agromicrobios CYTED – IBBM (UNLP – CONICET) – LBMIBS (UNQ)
Organizadores:
Dr. Draghi, Walter – CONICET – IBBM – La Plata // Dr. Lagares, Antonio Jr.– CONICET – LBMIBS – UNQ // Dr. López, José Luis – CONICET – IBBM – La Plata // Dr. Lozano, Mauricio –CONICET – IBBM – La Plata // Dra. Martini, María Carla -CONICET – IBBM – UNLP // Dra. Salas, María Eugenia – CONICET – IBBM – La Plata. Responsable: Dr. Antonio Lagares.
Mapa y alojamiento (NUEVO!)
El curso se dictará en el Edificio Ex Liceo de La Facultad de Ciencias Exactas de la UNLP. El mismo se encuentra en las calles 50 y 115. Acá les enviamos los hostels que se encuentran más cercanos al lugar. Las reservas pueden hacerlas a través de las páginas Hostelbookers.com, Hostelworld.com, Tripadvisor.com, o contactando directamente a los hostels a través de sus páginas web.
1) Hostel UNO. Calle 1 y 47 N° 744.
2) UNICO Eco Hostel Boutique. Calle 4 N° 565 entre 46 y diagonal.
3) El intercultural Hostel. Calle 49 N° 769 entre 10 y 11.
4) Frankville Hostel. 46 N° 781 entre 10 y 11.
5) Hostel Baldomero. Calle 5 N° 367 entre 2 y 3.
6) Quuko Hostel. 11 Nro 1075 entre 54 y 55.
CRONOGRAMA
PROGRAMA
——————— LUNES ———————
Charla Inaugural. (Dr. Antonio Lagares)
Secuenciación de genomas, ensamblado y anotación (Dr. Agustin Ure – Dra. Leticia Ferrelli)
Plataformas de secuenciación. Racconto histórico y últimas tecnologías. Pipeline de procesamiento de lecturas y ensamblado utilizando UGENE. Anotación de genomas: Búsqueda de ORFs (herramientas). Anotación de genes usando los diferentes formatos de Blast (utilidad de cada uno) y otras herramientas online. Formato genebank, anotación utilizando UGENE. Búsqueda y anotación de regiones repetidas y palíndromos. Análisis de estructuras secundarias (uso de MFold).
Trabajo práctico computacional. Ensamblado. Galaxy y anotación de genomas. Dra Ferrelli y Dr. Ure.
—————— MARTES ———————
Estudio del moviloma plásmídico. (Dra. María Florencia Del Papa)
Introducción al moviloma. Importancia de los plámidos: ¿por qué los estudiamos? Metodologías para el estudio de plásmidos. Secuenciamiento de alto rendimiento aplicado al estudio de plásmidos. Estudio de funciones presentes en plásmidos a partir de secuencias ensambladas y lecturas crudas. Ejemplos.
Conceptos y herramientas para el estudio de los pangenomas procariotas. (Dr. José Luis López)
Homología en genes: conceptos de genes ortólogos y parálogos. Herramientas y software disponibles para la obtención in silico de genes homólogos. El pangenoma procariota: genoma core, genoma accesorio y la transferencia horizontal de genes. Herramientas para identificar posibles eventos de transferencia de genes y de especiación. Construcción de árboles filogenéticos a partir de genes homólogos.
Genomas bacterianos: herramientas y comparación. (Dra. María Julia Althabegoiti)
De la taxonomía clásica basada en secuencias de genes a la taxonomía genómica. Hibridación in situ DNA-DNA vs. alineamiento de genomas. Concepto de Average Nucleotide Identity (ANI). Programas de alineamiento de genomas: MUMer, ACT- Artemis Comparison Tool, MAUVE.
Trabajo práctico computacional. Aplicaciones para identificar genes ortólogos. Validación. Genomas core y accesorio. Composición de bases y transferencia horizontal de genes. Dra. Althabegoiti y Dr. López.
——————— MIÉRCOLES ———————
Transcriptómica. (Dr. Gonzalo Torres Tejerizo)
Antecedentes, otros métodos para la evaluación diferencial de la expresión (Northern, Macro-Arrays, Microarrays, qRT-PCR). RNAseq. Generalidades. Obtención RNA, ¿depleción de rRNA o purificación de mRNA? Métodos y evaluación de la calidad. Construcción de bibliotecas y secuenciamiento (Illumina). Evaluación de la calidad de las secuencias (FastQC). Alternativas para el pre-procesamiento de las secuencias. Mapeo de las secuencias en genoma de referencia. Visualización de los resultados y análisis estadísticos (ReadXplorer). Transcriptómica de muestras complejas (más de un organismo). Validación de datos.
Nociones básicas sobre el uso de Bases de Datos. (Dr. Mauricio Lozano)
Que son y como se utilizan las bases de datos. Bases de datos Relacionales, SQL y nociones sobre la creación y manejo de bases de datos utilizando el software Libreoffice – Base.
Trabajo práctico computacional. Análisis de datos transcriptómicos-RNAseq. Dr. Lozano y Dr. Mancini.
——————— JUEVES ———————
Enfoque metagenómico para el análisis filogenético y funcional de comunidades microbianas. (Dra. Priscila Calderoli)
Concepto, metodología, inferencia ecológica y avances recientes. Caso de estudio: Metabolismo nitrogenado en suelo. Aplicación de la metatranscriptómica en ambientes naturales.
Proteómica cuantitativa en bacterias. (Dr. Antonio Lagares Jr.)
Marco teórico e histórico introductorio. Diversidad de abordajes experimentales y sus aplicaciones: Marcaje isotópico diferencial y análisis libre de marca. Aspectos experimentales del análisis proteómico cuantitativo en bacterias. Procesamiento de los espectros y análisis de los datos cuantitativos.
Análisis de datos de experimentos proteómicos. MALDI-TOF. ESI-ORBITRAP. (Dr. Antonio Lagares Jr., Dra. Florencia Álvarez)
Desde los espectros a los datos cuantitativos: Simulación del análisis de los datos de un experimento de proteómica cuantitativa diferencial a través del software en línea QuPE. Identificación de microorganismos por espectrometría de masas (Biotyper).
——————— VIERNES ———————
Metabolomica. (Dr. Walter Draghi)
Definiciones. Campos de aplicación. Aproximaciones experimentales para la determinación cuali-cuantitativa de metabolitos celulares. Ventajas y desventajas. Data mining. Trabajo con datos experimentales. Utilización de databases de acceso público. Visualización de redes metabólicas.
Herramientas moleculares para la identificación a gran escala de genes asociados a fenotipos de interés (Dr. Mauricio Lozano)
Genómica funcional. Necesidad del estudio fenotípico a gran escala. Comparación (ventajas y desventajas) respecto de las metodologías transcriptómicas y/o proteómicas. Secuenciación masiva para el estudio simultáneo en miles de mutantes (fit-genomics). Estrategias y consideraciones generales.
——————— SÁBADO ———————
EVALUACION