NOVEDADES
El curso será dictado en el laboratorio de computación localizado en el 1er piso del edificio ExLiceo – Facultad Cs. Exactas – UNLP.
El comienzo del mismo será el día 2/7 a las 9:00 hs.
Programa preliminar del curso
Introducción a la filoinformática en sistemas Linux. Conceptos básicos de evolución, filogenética y sistemática molecular microbiana. Inferencia filogenética bajo criterios de máxima verosimilitud y bayesiano. Pan-genómica microbiana. Análisis filogenómico y evolución microbiana.
Lunes 2. 9:00 a 18:00
– Introducción a Linux (teoría y práctica)
– Conceptos básicos de biología evolutiva y filogenética
Martes 3. 9:00 a 18:00
– Búsqueda de homólogos usando BLAST desde la línea de comandos (prácticas)
– Alineamientos múltiples (prácticas)
– Introducción a los métodos filogenéticos, árboles de genes y de árboles de especies
Miércoles 4. 9:00 a 18:00
– Modelos de sustitución y máxima verosimilitud (teoría)
– Ajuste de modelos e inferencia de filogenias de máxima verosimilitud (prácticas)
– Delimitación de especies bacterianas usando métodos evolutivos y datos multilocus
Jueves 5. 9:00 a 18:00
– Inferencia bayesiana de filogenias (teoría y práctica)
– Pangenómica y evolución microbiana (Seminario de investigación)
Viernes 6. 9:00 a 18:00
– Cómputo de familias de genes homólogos con datos genómicos (teoría)
– Análisis pangenómico usando GET_HOMOLOGUES (prácticas)
– Estrategias para la estima de filogenias genómicas (teoría)
– Estima de filogenias genómicas con GET_PHYLOMARKERS (prácticas)
Software:
GET_HOMOLOGUES: http://eead-csic-compbio.
GET_PHYLOMARKERS: https://github.com/vinuesa/
Seaview (visor-editor de alineamientos y más) http://pbil.univ-lyon1.fr/
jModelTest2 https://github.com/ddarriba/
FigTree (para visualizar árboles): http://tree.bio.ed.ac.uk/
MrBayes: http://mrbayes.sourceforge.
COMO LLEGAR
PROGRAMA y CVs de los DOCENTES