{"id":125,"date":"2016-08-22T15:18:42","date_gmt":"2016-08-22T15:18:42","guid":{"rendered":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/?page_id=125"},"modified":"2016-11-03T11:54:43","modified_gmt":"2016-11-03T11:54:43","slug":"aproximaciones-multiomicas-para-el-estudio-de-interacciones-microorganismo-hospedador-bases-teoricas-y-practicas","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/?page_id=125","title":{"rendered":"Aproximaciones multi\u00f3micas para el estudio de interacciones Microorganismo-hospedador: Bases te\u00f3ricas y pr\u00e1cticas."},"content":{"rendered":"<p><img loading=\"lazy\" class=\"aligncenter wp-image-126 size-full\" src=\"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/wp-content\/uploads\/2016\/08\/pagina.png\" alt=\"pagina\" width=\"2379\" height=\"1136\" srcset=\"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/wp-content\/uploads\/2016\/08\/pagina.png 2379w, https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/wp-content\/uploads\/2016\/08\/pagina-300x143.png 300w, https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/wp-content\/uploads\/2016\/08\/pagina-768x367.png 768w, https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/wp-content\/uploads\/2016\/08\/pagina-1024x489.png 1024w\" sizes=\"(max-width: 2379px) 100vw, 2379px\" \/><\/p>\n<p>Curso de postgrado:<strong>\u00a0\u00abAproximaciones multi\u00f3micas para el estudio de interacciones Microorganismo-hospedador: Bases te\u00f3ricas y pr\u00e1cticas\u00bb. <\/strong><em>1ra Edici\u00f3n.<\/em><\/p>\n<p><strong>Bilbiograf\u00eda y archivos del curso<\/strong>:\u00a0<a href=\"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/?page_id=152\" target=\"_blank\">Enlace<\/a><\/p>\n<p><span style=\"color: #008000;\"><strong>NUEVO!! ENCUESTA &#8211;<\/strong> <\/span><a href=\"https:\/\/goo.gl\/forms\/omjxyc0m1RamiRmn2\">Enlace<\/a><\/p>\n<p>Curso te\u00f3rico-pr\u00e1ctico presencial dirigido a estudiantes de postgrado\u00a0egresados de las carreras de Lic. En Biotecnolog\u00eda, Lic. en Bioqu\u00edmica, Biolog\u00eda, Agronom\u00eda y afines. El curso es gratuito con cupo limitado. En el caso de que el n\u00famero de inscriptos supere el cupo se evaluar\u00e1 la vinculaci\u00f3n del tema y la nota de motivaci\u00f3n del estudiante para participar\u00a0 en el curso.\u00a0Duraci\u00f3n: 45 hs, con evaluaci\u00f3n final.<\/p>\n<p>Del 24 al 29 de Octubre de 2016, en la Facultad de Ciencias Exactas &#8211; UNLP.<\/p>\n<p><strong><em>Objetivos del curso:<\/em><\/strong><strong>\u00a0i)\u00a0<\/strong>introducir a los alumnos participantes las bases te\u00f3ricas de un conjunto de herramientas \u00f3micas modernas (gen\u00f3micas y metagen\u00f3micas, transcript\u00f3micas y metatranscript\u00f3micas, prote\u00f3micas, metabol\u00f3micas y fen\u00f3micas) orientadas particularmente al estudio a nivel molecular de la biolog\u00eda de las interacciones entre microorganismos y sus organismos hospedadores,\u00a0<strong>ii)<\/strong>\u00a0proveer a los alumnos una gu\u00eda pr\u00e1ctica de los aspectos experimentales de la etapa anal\u00edtica de cada t\u00e9cnica, as\u00ed como tambi\u00e9n\u00a0<strong>iii)<\/strong>\u00a0promover en los alumnos el desarrollo de habilidades pr\u00e1cticas en el tratamiento y an\u00e1lisis bioinform\u00e1tico de los datos masivos obtenidos a partir de la aplicaci\u00f3n de estas herramientas.<\/p>\n<p><strong>Organiza Red Agromicrobios CYTED &#8211; IBBM (UNLP &#8211; CONICET) &#8211;\u00a0LBMIBS (UNQ)<\/strong><\/p>\n<p><strong>Organizadores:<\/strong><br \/>\nDr. Draghi, Walter \u2013 CONICET &#8211; IBBM &#8211; La Plata \/\/ Dr. Lagares, Antonio Jr.\u2013 CONICET \u2013 LBMIBS &#8211; UNQ \/\/ Dr. L\u00f3pez, Jos\u00e9 Luis \u2013 CONICET \u2013 IBBM \u2013 La Plata \/\/ Dr. Lozano, Mauricio \u2013CONICET \u2013 IBBM \u2013 La Plata \/\/ Dra. Martini, Mar\u00eda Carla -CONICET \u2013 IBBM &#8211; UNLP \/\/ Dra. Salas, Mar\u00eda Eugenia \u2013 CONICET \u2013 IBBM \u2013 La Plata.\u00a0<em>Responsable: Dr. Antonio Lagares.<\/em><\/p>\n<hr \/>\n<p style=\"text-align: left;\"><strong>Mapa y alojamiento (<span style=\"color: #3366ff;\">NUEVO!<\/span>)<\/strong><\/p>\n<p><iframe style=\"border: 0;\" src=\"https:\/\/www.google.com\/maps\/embed?pb=!1m18!1m12!1m3!1d817.991786345212!2d-57.94297817080685!3d-34.90727399877387!2m3!1f0!2f0!3f0!3m2!1i1024!2i768!4f13.1!3m3!1m2!1s0x0%3A0x0!2zMzTCsDU0JzI2LjIiUyA1N8KwNTYnMzIuOCJX!5e0!3m2!1ses!2sar!4v1475669311521\" width=\"600\" height=\"450\" frameborder=\"0\" allowfullscreen=\"allowfullscreen\"><\/iframe><\/p>\n<p>El curso se dictar\u00e1 en el Edificio Ex Liceo de La Facultad de Ciencias Exactas de la UNLP. El mismo se encuentra en las calles 50 y 115. Ac\u00e1 les enviamos los hostels que se encuentran m\u00e1s cercanos al lugar. Las reservas pueden hacerlas a trav\u00e9s de las p\u00e1ginas Hostelbookers.com, Hostelworld.com, Tripadvisor.com, o contactando directamente a los hostels a trav\u00e9s de sus p\u00e1ginas web.<br \/>\n1) Hostel UNO. Calle 1 y 47 N\u00b0 744.<br \/>\n2) UNICO Eco Hostel Boutique. Calle 4 N\u00b0 565 entre 46 y diagonal.<br \/>\n3) El intercultural Hostel. Calle 49 N\u00b0 769 entre 10 y 11.<br \/>\n4) Frankville Hostel. 46 N\u00b0 781 entre 10 y 11.<br \/>\n5) Hostel Baldomero. Calle 5 N\u00b0 367 entre 2 y 3.<br \/>\n6) Quuko Hostel. 11 Nro 1075 entre 54 y 55.<\/p>\n<hr \/>\n<p style=\"text-align: center;\"><span style=\"color: #532691;\"><strong>CRONOGRAMA<\/strong><\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: center;\"><img loading=\"lazy\" class=\"alignnone wp-image-162 size-full\" src=\"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/wp-content\/uploads\/2016\/10\/cronograma.png\" alt=\"cronograma\" width=\"2288\" height=\"2472\" srcset=\"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/wp-content\/uploads\/2016\/10\/cronograma.png 2288w, https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/wp-content\/uploads\/2016\/10\/cronograma-278x300.png 278w, https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/wp-content\/uploads\/2016\/10\/cronograma-768x830.png 768w, https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/wp-content\/uploads\/2016\/10\/cronograma-948x1024.png 948w\" sizes=\"(max-width: 2288px) 100vw, 2288px\" \/><\/p>\n<hr \/>\n<p style=\"text-align: center;\"><span style=\"color: #532691;\"><strong>PROGRAMA<\/strong><\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: center;\"><span style=\"color: #532691;\"><strong>&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212; LUNES &#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #532691;\"><strong>Charla Inaugural. (Dr. Antonio Lagares)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #532691;\"><strong>Secuenciaci\u00f3n de genomas, ensamblado y anotaci\u00f3n (Dr. Agustin Ure \u2013 Dra. Leticia Ferrelli)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #532691;\">Plataformas de secuenciaci\u00f3n. Racconto hist\u00f3rico y \u00faltimas tecnolog\u00edas. Pipeline de procesamiento de lecturas y ensamblado utilizando UGENE. Anotaci\u00f3n de genomas: B\u00fasqueda de ORFs (herramientas). Anotaci\u00f3n de genes usando los diferentes formatos de Blast (utilidad de cada uno) y otras herramientas online. Formato genebank, anotaci\u00f3n utilizando UGENE. B\u00fasqueda y anotaci\u00f3n de regiones repetidas y pal\u00edndromos. An\u00e1lisis de estructuras secundarias (uso de MFold).<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #532691;\"><strong><em>Trabajo pr\u00e1ctico computacional.<\/em><\/strong>\u00a0Ensamblado. Galaxy y anotaci\u00f3n de genomas.\u00a0<em>Dra Ferrelli y Dr. Ure.<\/em><\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: center;\"><span style=\"color: #1e4b75;\"><strong>&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212; MARTES &#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1e4b75;\"><strong>Estudio del moviloma pl\u00e1sm\u00eddico. (Dra. Mar\u00eda Florencia Del Papa)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1e4b75;\">Introducci\u00f3n al moviloma. Importancia de los pl\u00e1midos: \u00bfpor qu\u00e9 los estudiamos? Metodolog\u00edas para el estudio de pl\u00e1smidos. Secuenciamiento de alto rendimiento aplicado al estudio de pl\u00e1smidos. Estudio de funciones presentes en pl\u00e1smidos a partir de secuencias ensambladas y lecturas crudas. Ejemplos.<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1e4b75;\"><strong>Conceptos y herramientas para el estudio de los pangenomas procariotas. (Dr. Jos\u00e9 Luis L\u00f3pez)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1e4b75;\">Homolog\u00eda en genes: conceptos de genes ort\u00f3logos y par\u00e1logos. Herramientas y software disponibles para la obtenci\u00f3n\u00a0<em>in silico<\/em>\u00a0de genes hom\u00f3logos. El pangenoma procariota: genoma core, genoma accesorio y la transferencia horizontal de genes. Herramientas para identificar posibles eventos de transferencia de genes y de especiaci\u00f3n. Construcci\u00f3n de \u00e1rboles filogen\u00e9ticos a partir de genes hom\u00f3logos.<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1e4b75;\"><strong>Genomas bacterianos: herramientas y comparaci\u00f3n. (Dra. Mar\u00eda Julia Althabegoiti)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1e4b75;\">De la taxonom\u00eda cl\u00e1sica basada en secuencias de genes a la taxonom\u00eda gen\u00f3mica. Hibridaci\u00f3n\u00a0<em>in situ\u00a0<\/em>DNA-DNA vs. alineamiento de genomas. Concepto de Average Nucleotide Identity (ANI). Programas de alineamiento de genomas: MUMer, ACT- Artemis Comparison Tool, MAUVE.<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1e4b75;\"><strong><em>Trabajo pr\u00e1ctico computacional.\u00a0<\/em><\/strong>Aplicaciones\u00a0para identificar genes ort\u00f3logos. Validaci\u00f3n. Genomas core y accesorio. Composici\u00f3n de bases y transferencia horizontal de genes.\u00a0<em>Dra. Althabegoiti y Dr. L\u00f3pez.<\/em><\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: center;\"><strong><span style=\"color: #386918;\">&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;\u00a0MI\u00c9RCOLES\u00a0&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;<\/span><\/strong><\/p>\n<p><span style=\"color: #386918;\"><strong>Transcript\u00f3mica. (Dr. Gonzalo Torres Tejerizo)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #386918;\">Antecedentes, otros \u00a0m\u00e9todos para la evaluaci\u00f3n diferencial de la expresi\u00f3n (Northern, Macro-Arrays, Microarrays, qRT-PCR).\u00a0RNAseq.\u00a0 Generalidades. Obtenci\u00f3n RNA, \u00bfdepleci\u00f3n de rRNA o purificaci\u00f3n de mRNA?\u00a0 M\u00e9todos y evaluaci\u00f3n de la calidad. Construcci\u00f3n de bibliotecas y secuenciamiento (Illumina). Evaluaci\u00f3n de la calidad de las secuencias (FastQC). Alternativas para el pre-procesamiento de las secuencias. Mapeo de las secuencias en genoma de referencia. Visualizaci\u00f3n de los resultados y an\u00e1lisis estad\u00edsticos (ReadXplorer).\u00a0Transcript\u00f3mica de muestras complejas (m\u00e1s de un organismo). Validaci\u00f3n de datos.<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #386918;\"><strong>Nociones b\u00e1sicas sobre el\u00a0uso de Bases de Datos. \u00a0(Dr.\u00a0Mauricio\u00a0Lozano)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #386918;\">Que son y como se utilizan las bases de datos. Bases de datos Relacionales, SQL y nociones sobre la creaci\u00f3n y manejo de bases de datos\u00a0utilizando\u00a0el software Libreoffice &#8211; Base.<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #386918;\"><strong><em>Trabajo pr\u00e1ctico computacional.\u00a0<\/em><\/strong>An\u00e1lisis de datos transcript\u00f3micos-RNAseq.\u00a0<em>Dr. Lozano y Dr. Mancini.<\/em><\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: center;\"><span style=\"color: #734b12;\"><strong>&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212; JUEVES &#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #734b12;\"><strong><b>Enfoque metagen\u00f3mico para el an\u00e1lisis filogen\u00e9tico y funcional de comunidades microbianas. \u00a0<\/b>(Dra. Priscila Calderoli)<\/strong><\/span><\/p>\n<p>Concepto, metodolog\u00eda, inferencia ecol\u00f3gica y\u00a0avances recientes.\u00a0Caso de estudio: Metabolismo nitrogenado en suelo. Aplicaci\u00f3n de la metatranscript\u00f3mica en ambientes naturales.<\/p>\n<p><span style=\"color: #734b12;\"><strong>Prote\u00f3mica cuantitativa en bacterias. (Dr. Antonio Lagares Jr.)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #734b12;\">Marco te\u00f3rico e hist\u00f3rico introductorio. Diversidad de abordajes experimentales y sus aplicaciones: Marcaje isot\u00f3pico diferencial y an\u00e1lisis libre de marca. Aspectos experimentales del an\u00e1lisis prote\u00f3mico cuantitativo en bacterias. Procesamiento de los espectros y an\u00e1lisis de los datos cuantitativos.<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #734b12;\"><strong>An\u00e1lisis de datos de experimentos prote\u00f3micos. MALDI-TOF. ESI-ORBITRAP. (Dr. Antonio Lagares Jr., Dra. Florencia \u00c1lvarez)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #734b12;\">Desde los espectros a los datos cuantitativos: Simulaci\u00f3n del an\u00e1lisis de los datos de un experimento de prote\u00f3mica cuantitativa diferencial a trav\u00e9s del software en l\u00ednea QuPE.\u00a0Identificaci\u00f3n de microorganismos por espectrometr\u00eda de masas (Biotyper).\u00a0<\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: center;\"><span style=\"color: #1f5b66;\"><strong>&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212; VIERNES &#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1f5b66;\"><strong>Metabolomica. (Dr. Walter Draghi)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1f5b66;\">Definiciones. Campos de aplicaci\u00f3n. Aproximaciones experimentales para la determinaci\u00f3n cuali-cuantitativa de metabolitos celulares. Ventajas y desventajas.\u00a0<em>Data mining.\u00a0<\/em>Trabajo con datos experimentales. Utilizaci\u00f3n de databases de acceso p\u00fablico. Visualizaci\u00f3n de redes metab\u00f3licas.<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1f5b66;\"><strong>Herramientas moleculares para la identificaci\u00f3n a gran escala de genes asociados a fenotipos de inter\u00e9s (Dr. Mauricio Lozano)<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #1f5b66;\">Gen\u00f3mica funcional. Necesidad del estudio fenot\u00edpico a gran escala. Comparaci\u00f3n (ventajas y desventajas) respecto de las metodolog\u00edas transcript\u00f3micas y\/o prote\u00f3micas. Secuenciaci\u00f3n masiva para el estudio simult\u00e1neo en miles de mutantes (<em>fit-genomics<\/em>). Estrategias y consideraciones generales.<\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: center;\">&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212; S\u00c1BADO\u00a0&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;&#8212;<\/p>\n<p><span style=\"color: #1f2266;\"><strong>EVALUACION<\/strong><\/span><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Curso de postgrado:\u00a0\u00abAproximaciones multi\u00f3micas para el estudio de interacciones Microorganismo-hospedador: Bases te\u00f3ricas y pr\u00e1cticas\u00bb. 1ra Edici\u00f3n. Bilbiograf\u00eda y archivos del curso:\u00a0Enlace NUEVO!! ENCUESTA &#8211; Enlace Curso te\u00f3rico-pr\u00e1ctico presencial dirigido a estudiantes de postgrado\u00a0egresados de las carreras de Lic. En Biotecnolog\u00eda, Lic. en Bioqu\u00edmica, Biolog\u00eda, Agronom\u00eda y afines. El curso es gratuito con cupo limitado. En <a href=\"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/?page_id=125\" rel=\"nofollow\"><span class=\"sr-only\">Leer m\u00e1sAproximaciones multi\u00f3micas para el estudio de interacciones Microorganismo-hospedador: Bases te\u00f3ricas y pr\u00e1cticas.<\/span>[&hellip;]<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":75,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_bbp_topic_count":0,"_bbp_reply_count":0,"_bbp_total_topic_count":0,"_bbp_total_reply_count":0,"_bbp_voice_count":0,"_bbp_anonymous_reply_count":0,"_bbp_topic_count_hidden":0,"_bbp_reply_count_hidden":0,"_bbp_forum_subforum_count":0},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/125"}],"collection":[{"href":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=125"}],"version-history":[{"count":21,"href":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/125\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":168,"href":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/125\/revisions\/168"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/75"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/agromicrobios.biol.unlp.edu.ar\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=125"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}